Comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour TPE

Vous recherchez un logiciel de facturation pour votre TPE ? Entre la création de la liste des produits ou des prestations, l’édition des devis et des factures, le suivi des paiements et les relances des impayés, la facturation peut vite prendre plusieurs heures par mois. Un bon logiciel de facturation vous fera gagner du temps, limitera les erreurs et sera conforme à la législation en vigueur. Découvrez les solutions de facturation adaptées aux TPE, les avantages concrets qu’elles apportent et les éléments à prendre en considération pour choisir votre outil.

Les très petites entreprises (TPE) n’ont pas l’obligation d’utiliser un logiciel de facturation. Vous avez encore le droit d’éditer des factures « papier » ou de recourir à un tableur ou à un modèle, à condition de respecter la réglementation en vigueur.

Pour rappel, vous être tenu d’émettre une facture lorsque votre client est un professionnel. 

En revanche, elle n’est obligatoire que dans quatre cas pour les clients particuliers. À savoir :

• à la demande du client :
• dans le cadre d’une vente à distance ;
• pour les livraisons intracommunautaires exonérées de TVA ;
• lors de la réalisation d’une prestation de services d’un montant supérieur à 25 euros toutes taxes comprises (TTC).

Par ailleurs, les factures doivent suivre les règles suivantes :

• comporter les mentions obligatoires d’une facture ;
• avoir un numéro unique intégré dans une séquence chronologique continue (pas de trous) ;
• être émises par ordre chronologique ;
• être conservés pendant dix ans.

Toutefois, les normes vont évoluer. À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises devront être en mesure de réceptionner des factures électroniques.

De plus, l’envoi d’e-factures deviendra également obligatoires pour les TPE au 1er septembre 2027.

Une facture électronique aura obligatoirement un format structuré, c’est-à-dire un format permettant son traitement automatique par une machine. Par ailleurs, elle devra être envoyée et réceptionnée via une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP).

De ce fait, l’utilisation d’un logiciel de facturation reconnue PDP ou travaillant avec une PDP deviendra obligatoire.

Anticipez dès maintenant en choisissant un logiciel conforme à la réforme de la facturation électronique pour éviter une transition dans l’urgence.

Qonto est immatriculée en tant que PDP et vous propose un logiciel de facturation électronique totalement gratuit et accessible sans compte professionnel.

Notre solution vous permet dès maintenant d’émettre des factures au format Factur-X en quelques clics et de bénéficier d’un suivi en temps réel de leur état. C’est un gain de temps, d’argent et écologique.

En plus, notre outil intègre de nombreuses fonctionnalités, telles que :

• la centralisation des factures clients et fournisseurs ;
• la gestion des notes de frais ;
• la synchronisation de vos comptes bancaires externes.

Faire des factures manuellement peut vite devenir une mission chronophage entraînant des erreurs et des sanctions pouvant être lourdes de conséquences. Heureusement, 12 logiciels proposent des formules dédiées aux très petites entreprises. À savoir :

• Qonto ;
• Henrri ;
• Evoliz ;
• Cegid Business ;
• Clic facture ;
• Factomos ;
• EBP Gestion commerciale Hubbix ;
• Tiime ;
• MY.facturation ;
• Sellsy ;
• Abby ;
• Indy.

Avant de les voir dans le détail, découvrez un aperçu de ces solutions dans ce tableau récapitulatif :

Qonto est un établissement de paiement proposant un compte professionnel 100 % en ligne. 

Afin d’aider les entreprises au quotidien, notamment pour leur transition avec la mise en place de la facturation électronique, nous avons développé un logiciel de facturation gratuit .

C’est un des rares logiciels qui vous permettra de garder vos habitudes en matière de facturation puisque Qonto est immatriculée PDP. En plus d’éditer des e-factures, elle pourra se charger de les envoyer et de les réceptionner.

Avec ou sans compte pro, cet outil vous permet de :

• créer et envoyer des devis et factures personnalisés en illimité ;
• gérer des factures dans d’autres devises ;
• centraliser au même endroit vos factures clients et vos factures fournisseurs ;
• extraire automatiquement vos données des factures ;
• gérer les notes de frais ;
• suivre en un clin d'œil vos dépenses passées et à venir, ainsi que l’évolution de votre trésorerie ;
• synchroniser tous vos compte bancaires ;
• contacter un support client disponible 24h/24 et 7j/7.

Avec la conversion des devis en factures et le catalogue intégré, vous passerez en moyenne une seule minute par facture. C’est cinq heures de moins sur la gestion de la facturation pour les dirigeants de TPE.

Henrri est un logiciel de facturation populaire auprès des indépendants et des TPE. Il propose toutes les fonctionnalités essentielles dans sa formule à 0 €, dont :

• l’émission de devis et de factures (conforme à la loi anti-fraude TVA) ;
• la gestion et le suivi des versements ;
• l’alerte des échéances des factures ;
• les relances d’impayés ;
• les règlements en ligne et par mobile ;
• l’export et un accès expert-comptable ;
• la tenue du journal des ventes ;
• la recherche de clients avec la connexion à l’INSEE.

Les e-factures, les factures de situation, les relances automatiques et les outils d’analyse ne sont disponibles que dans les forfaits payants.

Simple à prendre en main et complet, Evoliz permet de créer des devis et des factures certifiés NF203, NF525 et Factur-X, des factures de situation et des retenues de garantie. Sa formule à 16 € par mois inclut également :

• le suivi et la relance des impayés ;
• l’édition du ticket Z de caisse ;
• le paiement en ligne des factures ;
• la catégorisation des ventes ;
• l’établissement d’un rapport de vente, ainsi que d’un journal de vente et de caisse ;
• le suivi des stocks ;
• la gestion de la TVA ;
• des outils de comptabilité ;
• l’export de la banque et du grand livre.

Les forfaits supérieurs proposent de nombreuses automatisations et rapports d’analyse.

Cegid Business est une solution intéressante pour les TPE en pleine croissance. Elle vous permet de :

• créer et envoyer vos devis, vos factures clients (avec lien de paiement) et vos factures d’avoir ;
• suivre vos règlements clients et fournisseurs ;
• effectuer des relances ;
• demander une avance de trésorerie ;
• visualiser sa situation à l’aide de tableaux de bord dynamiques.

L’atout de ce logiciel accessible pour 16,50 € HT par mois est qu’en présence d’une facture non conforme, l’assistant vous en avertit immédiatement. Vous évitez ainsi tous les problèmes liés.

Clic Facture est un logiciel de facturation en ligne qui a une offre à 0 € pour les TPE, mais elle est assez limitée puisqu’elle ne comprend que la réalisation de 25 documents par an.

C’est sa formule à 6,50 € TTC par mois qui commence à se révéler intéressante avec :

• la réalisation de devis et de factures de n’importe quelle forme ;
• le suivi des règlements et des achats ;
• la gestion de vos ventes e-commerce sur les marketplaces (synchronisation automatique, génération des factures, envoi automatique, comptabilisation, etc.) ;
• l’analyse de votre activité via des tableaux de bord.

Les forfaits supérieurs ont des fonctionnalités de comptabilité.

Factomos est un logiciel de facturation électronique qui s’adresse directement aux TPE.

Il propose une formule à titre gracieux qui est davantage un essai avec seulement cinq factures électroniques. Son forfait mini à 5 € HT par mois comprend quant à lui 30 factures par an, les relances automatiques et le paiement en ligne.

C’est seulement avec l’offre Express à 15,30 € HT par mois que vous pourrez éditer des factures en illimité et avoir accès à un tableau d’indicateurs et à un écosystème d’applications.

EBP est un éditeur de logiciels. Il a développé EBP Gestion commerciale Hubbix pour les TPE afin de simplifier leur gestion au quotidien grâce à l’automatisation. Il permet de :

• créer des devis, factures, acomptes et avoirs ;
• recevoir des alertes en cas de retard de paiement ;
• suivre les ventes et les échéanciers clients ;
• piloter son activité grâce à un tableau de bord de vos performances.

Cette solution est à 28,80 € HT par mois.

Pour aller plus loin, le logiciel EBP Gestion Commerciale ACTIV à 50 € HT par mois inclut la facturation électronique, la gestion des achats, les relances clients et une application mobile.

Si vous ne recherchez qu’un logiciel de facturation pour émettre des e-factures en illimité, Tiime est fait pour vous.

Son offre de base à 0 € n’a aucune limite de volume.

Pour 14,99 € HT, vous pouvez même avoir accès à :

• un compte pro ;
• des tableaux de bord et des indicateurs personnalisés ;
• la gestion des notes de frais et des indemnités kilométriques ;
• la connexion de comptes en illimité ;
• le matching automatique.

MY.facturation est un logiciel très simple avec diverses solutions tarifaires flexibles pour s’adapter à vos besoins au quotidien. Il propose notamment une formule gratuite avec :

• l’édition de devis et de factures (format Factur-X) ;
• la gestion des clients et des produits ;
• l’association des règlements.

Les forfaits supérieurs ont des outils avancés pour personnaliser vos documents, analyser vos performances et gérer vos finances.

Plus qu’un logiciel de facturation, Sellsy est une solution tout-en-un avec CRM, gestion commerciale et comptable.

L’offre Standard de Sellsy Facturation à 39 € HT par mois inclut :

• la gestion des contacts (avec récupération des données à partir de la base de l’INSEE, modèles d’e-mails et accès clients) ;
• la création et l’envoi de devis, de bons de commande et de bons de livraison ;
• l'édition et l’envoi de 100 factures par mois ;
• la constitution d’un catalogue de produits ;
• la gestion des frais de port et d’emballage ;
• le scan de vos factures fournisseurs ;
• le tracking de lecture des documents ;
• la connexion e-commerce ;
• la gestion du multi-devises et du multi-langues ;
• des outils de paiement (paiement en ligne, prélèvement automatique, page publique de paiement, gestion des acomptes, relances, échéanciers de paiement, etc.) ;
• des fonctionnalités de pré-comptabilité (journaux comptables, balance, comptabilité auxiliaire, export, accès expert-comptable et rapprochement bancaire) ;
• l’édition de rapports d’analyse ;
• de nombreuses intégrations et connexions API.

Abby est un logiciel de gestion pensé avant tout pour les indépendants, notamment les auto-entrepreneurs. Sa formule basique est gratuite. Elle donne accès à la production de devis et de facturation illimitée.

Quant au forfait à 7,20 € HT par mois, il comprend le paiement en ligne des factures, la facturation d’acompte et l’envoi des documents par e-mail.

Indy est un logiciel comptable avec un module de facturation intégré. Son offre Essentiel est 100 % gratuite et en ligne. Elle vous donne accès aux fonctionnalités suivantes :

• l'édition de devis et de factures illimitée avec catalogue de produits et services ;
• le suivi automatique des paiements ;
• l’acquittement des factures ;
• une base de données clients ;
• la catégorisation automatique des transactions ;
• la saisie automatique et détection de la TVA ;
• la gestion des notes de frais, des indemnités kilométriques et des règlements en espèces ;
• un tableau de tbord en temps réel ;
• un compte pro (avec une carte Mastercard physique et virtuelle et les virements illimités) ;
• une application mobile.

Le formule premium ne comporte que des outils déclaratifs en plus (fiche de paie pour dirigeant de SAS / SASU, liasse fiscale, bilan et compte de résultat, télétransmission aux impôts, etc.).

Adopter un module de facturation, c’est investir dans sa sérénité grâce à ses nombreux bénéfices, dont :

• le gain de temps ;
  
• le suivi en temps réel ;
• la conformité légale ;
• la suppression des erreurs manuelles ;
• l’accessibilité.

Les logiciels proposent de nombreuses automatisations afin de vous permettre de :

• créer et d’envoyer vos documents en quelques clics ;
• suivre vos paiements ;
• relancer les impayés.

Une solution efficace vous :

• donne accès à vos informations de paiement à chaque instant ;
• alerte en cas d’impayés ;
• permet de centraliser vos données sur une seule interface.

Vous pourrez ainsi prendre les décisions nécessaires au bon moment.

L’outil de facturation choisi doit garantir le respect de vos obligations légales en matière de facturation (mentions obligatoires, numérotation chronologique, facturation électronique, etc.).

Un bon logiciel de facturation vérifiera la présence de toutes les mentions obligatoires sur vos factures avant envoi.

Il permettra également de mettre en place la création de factures récurrentes et il détectera automatiquement vos informations afin d’éviter les oublis de facturation.

Les solutions en ligne vous permettent de facturer depuis n’importe quel ordinateur ou tablette.

Par ailleurs, elles proposent souvent une application mobile simple d’utilisation.

Certains outils vont plus loin et vous donnent l’occasion de gérer vos obligations comptables, vos relations clients, vos flux financiers et votre facturation d’un seul endroit.

À titre d’exemple, Qonto vous permet de simplifier la gestion des factures fournisseurs de votre TPE.

Depuis notre interface, vous pourrez automatiser le transfert de vos factures (depuis 11 000 fournisseurs connectés ou par e-mail), ainsi que l’approbation et la préparation des paiements.

Cette centralisation des factures fournisseurs vous donnera accès au suivi des échéances et de vos budgets en temps réel. Par ailleurs, vous aurez la possibilité de déléguer la gestion des factures à un membre de votre équipe.

Il n’existe pas un meilleur logiciel de facturation pour les TPE par rapport aux autres sur le marché. Tout dépend des fonctionnalités dont vous avez besoin pour la bonne gestion de votre TPE.

La solution de facturation choisie doit couvrir et simplifier l’ensemble de votre processus de facturation. Elle peut également vous offrir des outils supplémentaires, tels qu’un logiciel comptable, un module de gestion des dépenses ou le suivi de vos flux financiers.

Par ailleurs, il est nécessaire que le logiciel s’adapte à votre secteur d’activité et à la taille de votre entreprise.

Certains outils ont été développés pour une catégorie de sociétés. Par exemple, une solution dédiée aux auto-entrepreneurs ne sera pas suffisante pour une TPE en pleine croissance.

De plus, un bon outil doit être simple à prendre en main afin de gagner du temps, notamment pour créer les factures et mettre en place les accès.

N'hésitez pas à faire un tour sur les avis des utilisateurs pour connaître leur opinion sur chaque logiciel (réactivité du service client, qualité de l'interface et des fonctionnalités, etc.).

Enfin, il faut que l’outil sélectionné rentre dans votre budget et qu’il présente un bon rapport qualité / prix.

Bonne nouvelle, Qonto vous met gratuitement à disposition son logiciel de facturation complet et intuitif.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en mai 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.