Logiciel de facturation : comparatif 2026 des meilleurs outils du marché

Qonto, Indy, Henrri, Abby ou encore Pennylane, quel logiciel de facturation choisir en 2026 ? Entre les outils gratuits, les solutions payantes et la réforme de la facturation électronique qui change les règles du jeu, faire le mauvais choix peut vous coûter du temps, de l'argent et une mise en conformité manquée. Découvrez notre comparatif des meilleurs logiciels de facturation pour trouver un outil adapté à votre activité.

Un logiciel de facturation est un outil qui permet aux entreprises et aux indépendants de créer, envoyer, suivre et archiver leurs devis et factures conformément à la législation française.

Contrairement à un fichier Excel ou à un modèle Word, un logiciel de facturation intègre nativement :

• la numérotation chronologique automatique des factures ;
• les mentions obligatoires (identité des parties, numéro de TVA, conditions de paiement, pénalités de retard, etc.) ;
• le suivi en temps réel du statut de chaque facture ;
• l'archivage sécurisé et conforme des documents.

Beaucoup d'entrepreneurs réalisent leurs premières factures avec Excel. C'est compréhensible, mais cette approche montre rapidement ses limites.

Les 4 problèmes de la facturation avec Excel :

1. absence de suivi des paiements en temps réel ; 

2. risque d'erreurs sur les mentions obligatoires d’une facture (et donc risque de factures non conformes) ;

3. absence de relance automatique, ce qui implique une hausse des impayés ;

4. perte de temps considérable sur la gestion des factures.

Découvrez notre liste des meilleurs logiciels de facturation du marché, sélectionnés pour leurs fonctionnalités, leur rapport qualité-prix, leur conformité à la facturation électronique et leurs avis utilisateurs :

• Qonto ;
• Abby ;
• Tiime ;
• Axonaut ;
• Shine Facture ;
• Sellsy ;
• Henrri ;
• Vosfactures ;
• Evoliz ;
• Indy ;
• Factomos ;
• Pennylane ;
• Facture.net.

Avis utilisateurs : 4,7/5 sur Trustpilot et 4,5/5 sur Capterra ⭐

Connu pour son compte professionnel 100 % adapté aux besoins des entrepreneurs, Qonto propose aussi un logiciel de facturation gratuit. Il est disponible avec ou sans compte pro.

Ce que Qonto fait très bien :

• création de devis et factures personnalisés en illimité dès la version gratuite ;
• suivi du statut des factures en temps réel et relance automatique en un clic en cas de retard ;
• centralisation des factures fournisseurs et des justificatifs pour une vision globale des échéances à venir ;
• suivi de trésorerie via un tableau de bord accessible en ligne ;
• rapprochement automatique des factures et des transactions pour faciliter la pré-comptabilité.

Limite principale : Il faut souscrire le module "Automatisation de la facturation" pour bénéficier des factures récurrentes, des rappels de paiement et des signatures électroniques des devis.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,4/5 sur Trustpilot et 4,7/5 sur Capterra ⭐

Abby est un logiciel de facturation et de comptabilité développé pour les indépendants.  Son interface est pensée pour des utilisateurs non-comptables qui veulent créer une facture en moins de deux minutes. Sa formule gratuite est parmi les plus généreuses du marché.

Ce qu'Abby fait très bien :

• création de devis et factures en illimité dès la version gratuite ;
• livre des recettes et registre des achats intégrés ;
• estimation du chiffre d'affaires et des cotisations Urssaf en temps réel ;
• création d’un répertoire clients et d’une bibliothèque d’articles.

Limite principale : Les factures d’acompte, les factures récurrentes, l’archivage des documents ou encore les relances automatiques sont disponibles dans les offres payantes.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,5/5 sur Trustpilot et 4,3/5 sur Capterra ⭐

Tiime s'est construit une solide réputation chez les indépendants et les petites équipes grâce à son application de facturation et de comptabilité. Le module de facturation est illimité et conforme, avec en prime le suivi des performances en temps réel et des alertes de dépassement des seuils.

Ce que Tiime fait très bien :

• facturation personnalisée illimitée dès la version gratuite ;
• réception des e-factures fournisseurs ;
• présence d’un tableau de bord de suivi du chiffre d’affaires ;
• export des factures ;
• application mobile complète.

Limite principale : Il faut passer aux formules payantes pour bénéficier de la signature électronique des devis, du suivi des paiements et des impayés ou encore des relances clients.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,6/5 sur Trustpilot et 4,5/5 sur Capterra ⭐

Axonaut est un outil pensé pour les TPE et les PME qui veulent gérer facturation, CRM, RH et trésorerie depuis une seule interface. Sa particularité : des alertes lorsqu'un client consulte un devis ou une facture.

Ce qu'Axonaut fait très bien :

• création d’une facture à partir d’un devis en un clic ;
• relances automatiques des impayés ;
• suivi du chiffre d’affaires, de la trésorerie et des dettes fournisseurs sur des tableaux de bord ;
• alertes de consultation des documents par les clients ;
• paiement des factures par carte bancaire en ligne ou prélèvement automatique.

Limite principale : Les tarifs évoluent en fonction du nombre d’utilisateurs. De même, un engagement sur la durée est conseillé pour amortir le coût de l’outil.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,6/5 sur Trustpilot et 4,7/5 sur Capterra ⭐

Shine Facture propose un logiciel de facturation en ligne qui s’adresse principalement aux auto-entrepreneurs et aux freelances. Les fonctionnalités proposées sont basiques mais complètes. Il peut être utilisé seul ou conjointement avec le compte pro Shine.

Ce que Shine Facture fait très bien :

• création de devis et de factures électroniques en illimité ;
• suivi du paiement des factures et relances des clients en cas d’impayé ;
• préparation de la comptabilité avec accès dédié pour l’expert-comptable ;
• pilotage des finances pro via une application mobile.

Limite principale : La version gratuite est limitée à 5 clients par mois. Si vous devez facturer plus de 5 clients, il faudra passer à une offre payante. Même chose si vous avez besoin de convertir vos devis en factures.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,3/5 sur Trustpilot et 4,2/5 sur Capterra ⭐

Sellsy est la solution qui pense facturation et commercial dans son ensemble. Son architecture modulaire permet de démarrer avec l’outil de facturation et d'étendre progressivement son usage vers le CRM, la gestion des achats, le reporting financier et la trésorerie, sans changer d'outil.

Ce que Sellsy fait très bien :

• création et envoi de devis, de bons de commande et de factures ;
• gestion des modèles et des factures d’avancement ;
• signature électronique des documents et paiement en ligne sécurisé ;
• gestion des relances de factures impayées et de la facturation récurrente ;
• disponibilité de plusieurs modules complémentaires (vente, CRM, pilotage de trésorerie).

Limite principale : La création et l’envoi de factures est limité à 100 /mois, et la signature électronique des documents est limitée à 50 /an avec l’offre Standard. De plus, le support n’est accessible que par chat avec la version la moins chère.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,4/5 sur Trustpilot et 4,5/5 sur Capterra ⭐

Henrri propose un logiciel de facturation complet pour les indépendants, les TPE et les PME. L'outil est fonctionnel, conforme et particulièrement adapté aux structures qui veulent une solution zéro coût sans sacrifier les fonctionnalités essentielles.

Ce qu'Henrri fait très bien :

• édition de devis et factures électroniques en illimité ;
• suivi des paiements et relance des impayés ;
• paiement des factures en ligne et par mobile ;
• accès comptable.

Limite principale : Il faut se tourner vers les formules payantes pour créer des factures sans TVA, des factures d’avancement ou des factures récurrentes et profiter d’outils de pilotage d’entreprise.

Compatible facturation électronique : Henrri n’est pas une Plateforme Agréée mais il s'est associé avec d'autres PA pour être compatible avec la réforme. 

Avis utilisateurs : 4,6/5 sur Trustpilot et 4/5 sur Capterra ⭐

Très complet, Vosfactures est un logiciel de facturation en ligne multifonctions. Il convient particulièrement aux PME en croissance qui ont besoin d’un outil tout-en-un pour piloter à la fois leur facturation, leur gestion commerciale et leur comptabilité.

Ce que Vosfactures fait très bien :

• création de factures personnalisées en illimité et dans plus de 30 langues ;
• constitution d’un catalogue produits avec gestion des ruptures de stock ;
• suivi des paiements et relances en cas d’impayés ;
• obtention de rapports financiers ;
• accès comptable inclus.

Limite principale : Vosfactures propose une formule gratuite qui ressemble davantage à un essai puisqu’elle est limitée à trois documents de facturation par mois.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,2/5 sur Trustpilot et 4,5/5 sur Capterra ⭐

Evoliz est un logiciel de facturation et de pré-comptabilité qui se distingue par sa double certification AFNOR. Il s'adresse aux PME et TPE qui ont besoin de générer des factures électroniques, contrôler leurs dépenses et suivre leurs flux bancaires.

Ce qu'Evoliz fait très bien :

• création de devis et factures en illimité ;
• signature électronique des documents ;
• synchronisation des comptes bancaires ;
• tableaux de bord et rapports de pilotage.

Limite principale : Evoliz propose uniquement une période d’essai de 15 jours gratuite et rend les factures récurrentes et les relances automatiques disponibles à partir de 49 €/mois.

Compatible facturation électronique : Evoliz n’est pas une Plateforme Agréée mais dispose d’un partenariat avec Chaintrust by Visma.

Avis utilisateurs : 4,7/5 sur Trustpilot et 4,8/5 sur Capterra ⭐

Indy est une option intéressante si vous souhaitez gérer votre comptabilité et votre facturation dans le même outil. Son module de facturation est gratuit, personnalisable, et compatible avec la réforme de la facturation électronique.

Ce qu'Indy fait très bien :

• création de devis et factures personnalisables en illimité ;
• envoi par e-mail des documents aux clients et suivi des paiements ;
• rapprochement bancaire automatique ;
• génération d’un lien de paiement sur les factures.

Limite principale : La signature électronique des devis, les relances automatiques des impayés et les factures récurrentes sont disponibles dans les offres payantes. De même, le support technique est limité avec l’offre gratuite.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,7/5 sur Trustpilot et 4,8/5 sur Capterra ⭐

Factomos est un logiciel de facturation cloud dédié aux professions libérales, aux freelances et aux TPE qui cherchent un outil pratique au quotidien. En effet, ce logiciel propose des fonctionnalités idéales pour facturer, suivre son chiffre d’affaires et stocker tous les documents dans la même interface.

Ce que Factomos fait très bien :

• création de devis, factures et bons de livraison ;
• liens de paiement en ligne et relances automatiques des impayés ;
• suivi des entrées et sorties d’argent dans la même application ;
• pilotage des projets au temps passé et par tâche.

Limite principale : Factomos propose uniquement un essai gratuit. De même, la première offre permet d’établir seulement 30 factures par an : il faut passer à l’offre Vision pour établir des factures en illimité.

Compatible facturation électronique : Factomos n’est pas une Plateforme Agréée mais dispose d’un partenariat avec Cecurity.

Avis utilisateurs : 4,3/5 sur Trustpilot et 4,3/5 sur Capterra ⭐

Pennylane est la solution qui a conquis les freelances et les dirigeants de petites sociétés qui veulent une vision financière complète de leur entreprise. Son point fort : la collaboration avec les experts-comptables est native dans l'outil.

Ce que Pennylane fait très bien :

• création et envoi de factures clients, d’avoirs et de devis ;
• rapprochement automatique avec les transactions ;
• catalogue de produits et services ;
• espace collaboratif intégré avec l’expert-comptable.

Limite principale : Les tarifs de Pennylane sont plus élevés que les alternatives qui proposent uniquement un logiciel de facturation.

Compatible facturation électronique : Plateforme Agréée ✅

Avis utilisateurs : 4,6/5 sur Trustpilot ⭐

Facture.net est un outil de facturation qui combine un CRM et un tableau de bord pour suivre son activité professionnelle. 100 % gratuit, ce logiciel est idéal pour les auto-entrepreneurs et les dirigeants qui lancent leur entreprise.

Ce que Facture.net fait très bien :

• création rapide des factures et suivi de l’état de paiement ;
• CRM et gestion commerciale inclus ;
• exports possibles sous différents formats des documents pour les transmettre au comptable ;
• création d'un site vitrine gratuit possible pour recevoir des demandes de devis.

Limite principale : Facture.net ne propose pas d’application mobile pour gérer sa facturation à distance et les documents ne peuvent pas être personnalisés. De même, la gratuité à une contrepartie : la présence de publicités.

Compatible facturation électronique : Facture.net n’est pas une Plateforme Agréée mais dispose d’un partenariat avec Super PDP.

Choisir un logiciel de facturation ne se résume pas à comparer des prix ou des fonctionnalités. La vraie question est : quel outil correspond à vos besoins ?

En effet, un auto-entrepreneur qui émet 5 factures par mois n'a pas les mêmes besoins qu'un dirigeant de PME qui gère 200 lignes de commandes, plusieurs commerciaux et un expert-comptable externe.

Voici nos recommandations à suivre pour choisir le meilleur logiciel de facturation en fonction de votre profil :

• logiciel de facturation pour auto-entrepreneur ;
• logiciel de facturation pour freelance ou indépendant en société ;
• logiciel de facturation pour TPE ;
• logiciel de facturation pour PME.

Ce dont vous avez besoin : Un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur simple et gratuit qui soit conforme à la réforme de la facturation électronique. Cet outil doit vous aider à suivre votre chiffre d'affaires par rapport aux plafonds légaux de la micro-entreprise, sans vous noyer dans des fonctionnalités dont vous n'avez pas l'usage.

Ce dont vous n'avez pas besoin : Un ERP, un CRM, un module de paie ou un tableau de bord multi-utilisateurs.

Notre top 3 des logiciels de facturation pour auto-entrepreneur :

• Qonto Facturation ;
• Abby ;
• Indy.

Ce dont vous avez besoin : Les indépendants ont besoin d’un logiciel de facturation qui génère des factures professionnelles rapidement, suit les paiements sans effort, facilite les échanges avec leur expert-comptable, et évolue avec leur activité sans les forcer à migrer d'outil tous les deux ans.

Ce dont vous n'avez pas besoin : Un outil de gestion d'équipe ou un CRM commercial complet.

Notre top 3 des logiciels de facturation pour freelances et indépendants :

• Qonto Facturation ;
• Pennylane ;
• Tiime.

Ce dont vous avez besoin : Un logiciel de facturation pour TPE doit proposer un suivi de trésorerie fiable, des relances automatiques pour réduire les impayés et une gestion clients structurée. Le tout sans y consacrer une demi-journée par semaine.

Ce dont vous n'avez pas besoin : Un ERP complet ou un CRM avancé, sauf si votre activité présente une forte composante commerciale.

Notre top 3 des logiciels de facturation pour TPE :

• Qonto ;
• Axonaut ;
• Pennylane.

Ce dont vous avez besoin : Un logiciel de facturation pour PME doit s'intégrer à votre écosystème existant (CRM, ERP, logiciel comptable). Il doit permettre de gérer des volumes de facturation élevés avec plusieurs utilisateurs.

Ce dont vous n'avez pas besoin : Un outil gratuit limité ou une solution pensée pour des profils solo.

Notre top 3 pour les PME :

• Qonto ;
• Sellsy ;
• Axonaut.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en octobre 2026 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.