Comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité pour PME

À la recherche d’un logiciel de comptabilité pour PME ? La comptabilité occupe une place centrale dans la gestion d’une petite ou moyenne entreprise. Tout doit être parfaitement organisé pour assurer la santé financière de l’entreprise et répondre aux obligations légales, entre l’enregistrement des recettes et des dépenses, la facturation, la gestion de la TVA, la tenue des comptes annuels et des livres comptables, etc. La digitalisation des processus à l’aide d’un logiciel de comptabilité permet d’éviter de se perdre dans des tableurs et de passer des heures sur des écritures manuelles. Appuyez-vous sur notre comparatif des logiciels de comptabilité pour PME pour choisir la solution la plus adaptée à votre entreprise. 

Dix outils comptables se démarquent et peuvent être considérés comme les  meilleurs logiciels de comptabilité pour les TPE / PME en 2025. À savoir :

• Pennylane ;
• Sage ;
• Evoliz ;
• Cegid ;
• EBP Comptabilité ;
• Axonaut ;
• MaCompta :
• Sinao Comptabilité & Gestion ;
• Xero ;
• Indy.

Pennylane est un outil qui combine logiciel de facturation, de comptabilité et de gestion financière en ligne (sans installation). Il propose différentes formules afin de s’adapter à toutes les tailles d’entreprise : de la micro-entreprise à l’entreprise intermédiaire.

Son premier forfait débute à 14 € HT par mois et il inclut :

• la centralisation et la gestion des factures clients et des factures fournisseurs ;
• le paiement des factures en un clic ;
• l’édition de factures ;
• un compte pro avec avance de trésorerie ;
• le suivi en continu ;
• la connexion à vos banques ;
• le rapprochement bancaire ;
• la collaboration avec votre expert-comptable.

Néanmoins, cette formule peut se révéler insuffisante si vous avez besoin d’un accès pour plusieurs utilisateurs (à partir de 29 € HT par mois pour cinq utilisateurs).

Par ailleurs, seuls les forfaits supérieurs comprennent la gestion des notes de frais, l’automatisation des relances, les intégrations, la catégorisation des transactions et le suivi de vos performances et de votre prévisionnel de trésorerie (dès 24 € HT par mois).

À partir de 79 € HT par mois, vous aurez accès à un module de gestion comptable pour profiter de :

• l’automatisation des saisies ;
• la gestion de vos déclarations fiscales et de vos clôtures mensuelles et annuelles ;
• l’édition de vos comptes annuels.

Pour les TPE et les PME de plus de 16 salariés, il est nécessaire de contacter l’équipe commerciale pour connaître le prix de cette offre.

Sage propose plusieurs solutions de comptabilité, dont Sage 50 et Sage Active pour les TPE / PME.

Sage 50 est un logiciel de comptabilité et de gestion avancée à partir de 35 € HT par mois alors que Sage Active est un outil accessible sur le cloud dès 12,50 € HT par mois. Les deux solutions comprennent :

• l’optimisation du cycle de vente du devis à la facture ;
• la création et la gestion des produits, services, prix et remises ;
• la synchronisation avec votre compte bancaire ;
• le suivi des encours clients et fournisseurs ;
• la génération automatique de votre comptabilité à partir de vos factures et de vos flux bancaires ;
• l’obtention de rapports financiers en temps réel ;
• un module pour calculer et déclarer la TVA.

La différence majeure entre les deux logiciels est que Sage Active est 100 % sur le cloud et inclut de nombreux outils d’intelligence artificielle (IA), notamment pour optimiser la prise de décisions stratégiques et l’automatisation de certaines tâches.

En revanche, Sage 50 possède des services de comptabilité analytique.

Evoliz est un logiciel de facturation et de pré-comptabilité français. Son offre débute à 16 € par mois et elle comprend de base les fonctionnalités suivantes :

• la création et l’envoi de devis et de factures ;
• le paiement en ligne des factures ;
• le suivi des stocks ;
• le multi-devises ;
• la signature électronique des documents ;
• la catégorisation et la gestion de vos ventes ;
• le suivi et les relances des impayés ;
• l’édition du ticket Z ;
• la gestion de la TVA ;
• des outils de production comptable ;
• l’édition du journal de vente et de caisse, de la banque et du grand livre ;
• une application connectée.

Toutefois, c’est seulement à partir de l’offre à 32 € par mois que vous bénéficierez de la collecte et de la catégorisation des dépenses, du traitement OCR, de la gestion du stock et des notes de frais, de la synchronisation et du rapprochement bancaire, de l’import EBICS, ainsi que des rapports sur vos données et tableaux de bord.

Cegid est un éditeur de logiciels de gestion financière reconnu. Il a développé Cegid Comptabilité pour les TPE / PME.

Cet outil tout-en-un vous permet d’automatiser votre comptabilité et d’avoir des données actualisées en continu afin de prendre les bonnes décisions. Il comprend les services suivants :

• la réalisation de la comptabilité générale, auxiliaire et analytique ;
• la récupération automatique de vos documents comptables ;
• la saisie automatisée des factures avec envoi d’alertes en cas d’anomalies ;
• la présence de tableaux de bord ;
• le rapprochement automatisé des comptes avec les écritures correspondantes ;
• le suivi des flux de trésorerie ;
• la gestion des immobilisations, des financements, des subventions et des crédits-bails ;
• le paiement des fournisseurs en un clic ;
• la clôture et l’édition des états comptables et financiers (grand-livre, balances comptables, journaux, bilan, compte de résultat, etc.) et le calcul des soldes intermédiaires de gestion ;
• l’édition et la déclaration de vos liasses fiscales et de votre TVA.

EBP propose divers outils pour la gestion des entreprises, et notamment des logiciels de comptabilité destinés aux TPE / PME. À savoir :

• EBP Comptabilité Hubbix (à partir de 35,20 € HT par mois) ;
• EBP Comptabilité PRO (à partir de 82 € HT par mois) ;
• EBP Comptabilité ELITE (tarif sur devis).

EBP Comptabilité Hubbix est une solution 100 % en ligne qui inclut des fonctions intéressantes pour les TPE / PME, telles que :

• la saisie automatisée ;
• un tableau de bord pour avoir une vision globale de ses données financières ;
• une aide à la déclaration de la TVA ;
• la synchronisation bancaire ;
• un accès expert-comptable.

Quant à EBP Comptabilité PRO, il réalise votre comptabilité générale et analytique et vous donne accès à la gestion des impayés et des abonnements.

Les formules peuvent être complétées avec des modules (par exemple, EBP États Financiers Pro pour automatiser la génération de vos liasses fiscales).

Axonaut est un logiciel de gestion complet et 100 % en ligne. Sa tarification commence à 69,99 € HT par mois et devient dégressive en fonction de la durée d’engagement.

Chaque formule comprend :

• un module de facturation électronique (avec l’envoi automatique des factures récurrentes, une avance de trésorerie, les relances automatiques, le recouvrement d’impayés et le paiement en ligne) ;
• un outil de suivi commercial ;
• un compte pro ;
• la gestion des dépenses (saisie automatique, catégorisation, gestion des notes de frais, rapprochement bancaire, etc.) ;
• un accès pour l’expert-comptable et l’export comptable ;
• l’automatisation des journaux de ventes et de dépenses ;
• le calcul automatique de la TVA et la gestion de l’auto-liquidation ;
• le suivi de la trésorerie (prévisionnel, catégorisation, comparaison du réel et du prévisionnel, etc.) ;
• la gestion des stocks ;
• le suivi des projets ;
• un module RH (avec gestion des charges sociales, des congés et des absences).

MaCompta est un logiciel comptable 100 % en ligne pensé pour les petites entreprises. Il bénéficie :

• d’une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) pour l’envoi et la réception de factures électroniques et des données d’e-reporting ;
• de la connexion bancaire pour un enregistrement comptable automatique ;
• d’une interface intuitive de saisie simplifiée avec génération automatique des écritures (TVA, amortissements, sorties d’immobilisation, etc.) ;
• de l’édition des états financiers (bilan, compte de résultat, annexe, plaquette), du fichier des écritures comptables (FEC) et des soldes intermédiaires de gestion ;
• de la possibilité d’avoir des plans de comptes personnalisés ;
• de la gestion automatique de la déclaration de TVA ;
• du suivi et du paiement des fournisseurs, ainsi que des encaissements des clients ;
• d'une application mobile de gestion des notes de frais et de comptabilité.

Cette solution est abordable (à partir de 13,25 € HT par mois) et simple à utiliser sans compétences comptables.

Sinao Comptabilité & Gestion est une solution française qui centralise comptabilité, facturation et suivi de trésorerie.

À travers son interface intuitive, elle s’adresse aux PME qui veulent gagner du temps et automatiser leur saisie comptable.

Pour les non initiés aux règles de la comptabilité, elle facilite l’enregistrement des opérations et elle les classe dans les bons comptes.

Une fois la comptabilité prête, vous n’aurez plus qu’à l’envoyer à votre expert-comptable grâce aux intégrations natives avec les logiciels du marché ou à mettre en place l’export comptable.

Par ailleurs, elle offre également la personnalisation du plan comptable et la création de comptes de tiers automatisé.

Elle propose également des fonctionnalités essentielles en matière de :

• facturation ;
• pilotage d’activité ;
• gestion des dépenses ;
• suivi de trésorerie ;
• gestion des stocks et des catalogues.

Sinao a mis en place différentes formules, dont une gratuite. Néanmoins, c’est seulement à partir de la formule à 23,40 € HT que vous aurez accès aux outils comptables.

Xero est une solution internationale qui fonctionne entièrement en ligne. Elle séduit par son ergonomie et ses nombreuses intégrations avec d’autres outils de gestion.

Son application simple d’utilisation permet de gérer votre comptabilité et vos finances de n’importe quel endroit. Elle intègre :

• la création et l’envoi des factures avec des rappels en cas de retard de paiement ;
• le suivi de trésorerie avec des rapports sur les profits et les pertes ;
• la réconciliation bancaire afin de centraliser vos informations financières clés.

C’est un logiciel particulièrement apprécié par les PME qui travaillent avec des partenaires étrangers ou qui veulent un outil multi-devise. Toutefois, les outils sont totalement en anglais.

Son prix débute à 29 $ par mois.

Indy s’adresse aux indépendants et aux petites entreprises qui recherchent une solution simple, automatisée et abordable.

Son logiciel permet de gérer la comptabilité, la TVA, et même de préparer sa liasse fiscale en quelques clics.

Ses principales fonctions comptables sont :

• la création de devis et de factures ;
• la synchronisation bancaire pour éviter les saisies manuelles ;
• la catégorisation automatique des dépenses et des recettes ;
• la détection automatique des taux de TVA ;
• la transmission électronique des justificatifs pour les attacher aux transactions correspondantes et leur donner valeur probante ;
• le suivi de votre activité en temps réel (chiffre d’affaires, résultat, montant en attente de paiement et trésorerie) ;
• la génération des déclarations fiscales et des bilans ;
• la transmission de votre liasse fiscale à l’administration.

Indy propose une version gratuite, mais limitée en matière de comptabilité. Il est préférable d’opter pour la formule à 49 € HT par mois.

Qonto est une solution de gestion comptable et financière avec des fonctionnalités avancées en matière de pré-comptabilité.

Depuis notre plateforme tout-en-un, vous aurez accès aux services suivants :

• scan de vos justificatifs (ils auront la même valeur légale qu’une version papier) et relance automatique des collaborateurs en cas de justificatifs manquants ;
• envoi automatisé des factures sur votre compte (intégrations Zapier et Make) et import des factures fournisseurs ;
• détection automatique de la TVA et des données de vos factures ;
• tableau de bord de suivi de trésorerie en temps réel ;
• connexion à vos comptes bancaires et à vos prestataires de paiement pour centraliser vos données et associer vos justificatifs aux transactions correspondantes ;
• intégration à plus de 50 outils comptables ;
• accès en lecture seule pour votre expert-comptable ;
• logiciel de facturation électronique.

Les nombreuses intégrations de Qonto vous permettront d’avoir accès à l’ensemble de vos informations financières sur une seule interface intuitive afin de connaître la situation financière de votre entreprise à chaque instant.

Qonto a mis en place de nombreux forfaits afin de s’adapter aux besoins spécifiques de chaque PME. À titre d’exemple, la formule Essential pensée pour les TPE est à 49 € HT par mois et l’offre Business pour les PME à 99 € HT par mois.

Qonto, c’est 10 heures économisées par mois grâce à la synchronisation entre notre plateforme et votre outil comptable et 6 000 € par an de gain d’efficacité en pré-comptabilité (étude Total Economic Impact de Qonto réalisée par Forrester Consulting en 2025).

Prenons l’exemple des remboursements de frais. Traditionnellement, le collaborateur devait envoyer une fois par mois les reçus papiers et les envoyer au service RH.

Avec Qonto, il peut saisir la dépense sur l’application et envoyer le justificatif à l’aide d’une simple photo pour obtenir un remboursement sous 48 heures. Ce processus est beaucoup plus clair et rapide que les procédures comptables traditionnelles.

Le choix d’un logiciel de comptabilité pour PME dépend de plusieurs critères, dont :

• les fonctionnalités proposées ;
• la simplicité d’utilisation ;
• l’intégration avec les autres outils de gestion ;
• la tarification ;
• le support et l’accompagnement offert.

Dans un premier temps, assurez-vous que les logiciels couvrent tous vos besoins en matière de :

• création de devis et de factures ;
• connexion bancaire ;
• accès comptable ;
• génération des écritures et des documents comptables ;
• export des données comptables ;
• suivi de des dépenses et de la trésorerie ;
• gestion de la TVA ;
• tableaux de bord et reporting ;
• type de logiciel (à installer ou en ligne).

Faites la liste des fonctionnalités attendues et comparez-la avec les services proposés par chaque logiciel de comptabilité pour PME.

Un outil intuitif et avec une grande simplicité d’utilisation vous fera gagner un temps précieux, surtout si vous ne maîtrisez pas les règles de la comptabilité.

Sa prise en main doit être rapide afin d’éviter les erreurs humaines.

Par exemple, il est important qu’il propose un tableau de bord clair pour avoir une vision rapide de la situation financière de votre entreprise.

Un logiciel compatible avec votre compte pro, votre CRM ou vos solutions de gestion ou de paie facilitera la prise de décisions grâce à l’obtention de données fiables et en temps réel.

Certains logiciels sont très complets et coûteux et d’autres, plus abordables, mais avec moins de fonctionnalités. Il est donc important de se pencher sur le rapport qualité/prix et de regarder la réelle valeur ajoutée pour votre entreprise.

Leur tarif est généralement présenté sous la forme d’un abonnement mensuel ou annuel.

N’oubliez pas qu’un bon logiciel de comptabilité vous fera gagner de nombreuses heures par mois et donc économiser de l’argent malgré son coût.

Un support client réactif et une documentation claire sont essentiels pour vous aider à prendre en main le logiciel et à résoudre les éventuels problèmes rencontrés.

Qonto est une solution de gestion comptable et financière qui vous fera gagner un temps précieux en pré-comptabilité et en matière de suivi de la situation financière de votre PME.

La simplicité d’utilisation de notre plateforme vous garantit une prise en main rapide afin d’exploiter au mieux toutes nos fonctionnalités.

Par ailleurs, elle se connectera facilement à votre logiciel de comptabilité afin de pouvoir bénéficier de l’automatisation de vos processus.

Rassurez-vous le transfert de vos données sera totalement sécurisé avec Qonto et notre support client restera accessible 24h/24, 7j/7.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de comptabilité ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en septembre 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.